2040年、難病の細胞硬化症に罹り、コールドスリープすることになった医学生・水原怜人は幼馴染・橘絵理沙と再会を約束し、長い眠りにつく。だが5年後、目覚めると世界は一変していた。MKウイルスによって99.9%の男性が死滅していたのだ。ウイルスへの抵抗力を持つ怜人は、絵理沙に瓜二つの担当官・周防美来からある依頼をされる。それは人類の存続のため、残された女性たちとメイティング（子作り）することだった…！